从零开始的基因组分析自学（五）-凯发体育客户端

为了找出不同物种间的进化关系，理解祖先序列与其后代之间的关系，估算一组共有共同祖先的物种间的分歧时间，群体基因组与比较基因组的文章中多会对研究物种进行系统发育分析。

系统发育(phylogeny)，也叫系统发生，是与个体发育相对而言的，它是指某一个类群的形成和发展过程，其研究的是进化关系（起源和演化关系）。系统发育分析(phylogenetic analysis)是为了推断（评估）这些进化关系，通过系统发育分析所推断出来的进化关系一般用系统进化树(phylogenetic tree)来描述，即系统发育分析包括了构建、评估和解读进化树（分子进化的基因树和物种进化的物种树）的全过程1。系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树有一个根节点，代表所有其他节点的共同祖先。有根树能反映进化顺序，而无根树只是说明了节点之间的远近关系，不包含进化方向，只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。在很多问题中，往往没有足够的信息来确定进化方向而无法确定进化树的根节点。因此，进化树一般是无根的。

这篇文章讲的比较细致了

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